成人男性的感染部位在尿道粘膜，女性感染部位在宮頸。新生兒主要引起結(jié)膜炎和肺炎。 
　　
　　非淋潛伏期：1-4周。在女性是1～3周。 
　　 
　　臨床有尿道炎的表現(xiàn)，而尿道分泌物涂片及培養(yǎng)淋球菌均陰性。
　　 
　　男性癥狀比輕，起病不如淋病急，癥狀拖延，時(shí)輕時(shí)重。尿道有刺癢感或灼熱感，偶有刺痛感，尿道口有分泌物，但較淋病的分泌物稀薄，為清稀狀水樣粘液性或淡黃色粘膜膿性，分泌物量也較淋病少。在長時(shí)間未排尿或晨起初次排尿前才逸出少量分泌物，有時(shí)僅表現(xiàn)為晨起痂膜封住尿道口（呈粘糊狀，稱糊口。痂膜易被尿流沖掉。）或褲襠污染，有分泌物附著。檢查時(shí)，有的需由后向前按擠前尿道才可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時(shí)病人有癥狀無分泌物，也可無癥狀而有分泌物。有時(shí)病人沒有自覺癥狀。初診時(shí)很易被漏診。 
　　 
　　女性非淋菌性尿道炎的特點(diǎn)是癥狀不明顯或沒有癥狀。當(dāng)被感染引起尿道炎時(shí)，約有50％有尿頻、尿道灼熱感或排尿困難，尿道口可發(fā)現(xiàn)有少許漿液樣或粘液膿性分泌物，但一般無尿痛或僅有輕微尿痛的癥狀。有時(shí)宮頸也有炎癥或糜爛，宮頸分泌物中有多數(shù)分葉型白xibao(高倍鏡下每視野超過10個(gè))。檢查時(shí)發(fā)現(xiàn)，宮頸水腫、糜爛，白帶增多，所以經(jīng)常造成外陰或陰道瘙癢。前庭大腺患病的女病人，前庭大腺腫大，局部紅腫，也可能形成膿腫，需要切開引流。合并有輸卵管炎、子宮內(nèi)膜炎、盆腔炎的病人，會出現(xiàn)相應(yīng)的癥狀。 
　　 
　　在診斷非淋菌性尿道炎時(shí)，常常需要與淋菌性尿道炎、前列腺炎鑒別。前者在淋病中已有論述。非淋菌性尿道炎的特點(diǎn)是癥狀較淋病為輕，潛伏期較淋病為長，分泌物較淋病為清稀。而慢性前列腺炎也常常伴有尿道的不適和尿道口出現(xiàn)分泌物，但慢性前列腺炎主要是會陰不適，排尿不暢，尿道口分泌物為前列腺液。 
　　 
　　本病可有癥狀或無癥狀，亞臨床感染可持續(xù)存在多年。無論有癥狀還是無癥狀，其后果同樣嚴(yán)重：除尿道炎、眼結(jié)膜炎外，可引起其他生殖器官炎癥，如附睪炎、前列腺炎、輸卵管炎宮頸炎、陰道炎、輸卵管炎及盆腔炎等，后導(dǎo)致不育癥和異位妊娠，也可感染嬰兒引起結(jié)膜炎和肺炎。男性同性戀者，可患直腸炎及咽炎。 
　　 
　　常與淋病同時(shí)感染。前者先出現(xiàn)淋病癥狀，經(jīng)抗淋病醫(yī)治后，淋球菌被青霉素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周后發(fā)病。臨床上很易被誤認(rèn)為淋病未治好或反復(fù)。處理不當(dāng)或醫(yī)治不及時(shí)可引起并發(fā)癥(1%)。如急性附睪炎、前列腺炎、結(jié)腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠等。宮頸炎是常見的合并癥。合并宮頸炎者，近一半病人無癥狀。有癥狀者主要體征為宮頸管白帶多，呈粘液膿性分泌物，充血和水腫也常發(fā)生。而宮頸炎不經(jīng)醫(yī)治，30%～40％將上行發(fā)展成為子宮內(nèi)膜炎，8%～10％發(fā)展成為輸卵管炎，可導(dǎo)致慢性腹痛、盆腔炎、不育、宮外孕等。 
　　 
　　新生兒通過感染的產(chǎn)道、生后3-13天可發(fā)生眼結(jié)膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。下生后2-3周可發(fā)生肺炎。癥狀不斷加重，呼吸急促為其特點(diǎn)，但不發(fā)熱。其中半數(shù)患兒有眼結(jié)膜炎。很少數(shù)病人可伴發(fā)Reifer綜合征：尿道炎、關(guān)節(jié)炎、角膜炎、結(jié)合膜炎及皮疹。